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Text File  |  1995-03-04  |  1.9 KB  |  42 lines
  1. ******************************************************************
  2. * Plant viruses icosahedral capsid proteins 'S' region signature *
  3. ******************************************************************
  4.  
  5. The capsid protein of plant  icosahedral positive strand RNA viruses generally
  6. consists of four distinct domains: an N-terminal positively charged 'R' domain
  7. involved in the  interaction with RNA,  a connecting arm 'a', a central domain
  8. 'S' forming the virion shell, and a C-terminal projecting 'P' domain.  Some of
  9. the viruses lack either the R or P domains.
  10.  
  11. It has been shown [1] that the S domain  of the  capsid protein of a number of
  12. plant viruses are evolutionary related, namely
  13.  
  14.  - Carmoviruses: carnation mottle  virus (CarMV),  melon  necrotic  spot virus
  15.    (MNSV), and turnip crinkle virus (TCV).
  16.  - Dianthoviruses: red clover necrotic mosaic virus (RCNMV).
  17.  - Sobemoviruses: maize  chlorotic  mottle  virus  (MCMV),  and  southern bean
  18.    mosaic virus (SBMV).
  19.  - Tombusviruses: artichoke mottled  crinkle virus (AMCV),  cucumber  necrosis
  20.    virus (CNV), cymbidium ringspot virus (CyRSV), and tomato bushy stunt virus
  21.    (TBSV).
  22.  - Tobacco necrosis virus (TNV).
  23.  
  24. The S domain of these viruses  contains  from 158  to  166 amino acids  and is
  25. composed of eight beta-strand anti-parallel twisted sheets in what is known as
  26. a 'jellyroll' conformation.  The  signature  pattern for this domain starts at
  27. the C-terminal  part of the 3rd  beta-strand  and extends up to the end of the
  28. 4th strand.
  29.  
  30. -Consensus pattern: [FYW]-x-[PSTA]-x(7)-G-x-[LIVM]-x-[LIVM]-x-[FYW]-x(2)-D-
  31.                     x(5)-P
  32. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  33. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  34.  
  35. -Expert(s) to contact by email: Koonin E.V.
  36.                                 koonin@ncbi.nlm.nih.gov
  37.  
  38. -Last update: October 1993 / Text revised.
  39.  
  40. [ 1] Dolja V.V., Koonin E.V.
  41.      J. Gen. Virol. 72:1481-1486(1991).
  42.